Gen içinde veya gene yakın (yaklaşık 1cMorgan) polimorfik belirleyiciler kullanılarak aile bireylerinin hepsinin genotiplendirilmesi ile mutant allelerin aile içindeki (kuşaklar arasındaki) aktarımı saptanabilmektedir. Genotiplendirme ile aile içindeki sağlıklı, taşıyıcı ve hasta bireyler belirlenebilmektedir.

Ayrıca genomdaki polimorfik belirleyicilerin analizi ile bir hastalığın genom üzerindeki lokalizasyonu da (linkage analizi) saptanabilmektedir. Genomdaki di veya multi allelik polimorfik belirleyiciler genotiplendirme için kullanılmaktadır.