Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu, DNA amplifikasyonu ile eş zamanlı olarak artış gösteren floresans sinyalin ölçülmesi ile kantitatif sonuç verebilen bir PCR yöntemidir. dsDNA’ya bağlandıkları zaman floresans veren boyalar (örneğin, cyber green) kullanılarak amplifikasyona bağlı DNA artışı floresans miktarı ile ölçülmektedir.

Gerçek DNA amplifikasyonunu ölçmek için amplifikasyon ürünlerinin “melting curve” (erime eğrisi) analizi yapılmalıdır. Her dsDNA kendine özgül Tm değerine sahiptir. Amplifikasyondan sonra sıcaklık yavaş yavaş yükseltilerek belirli aralıklar ile tüpteki floresans miktarı kayıt edilir. dsDNA denatüre olmaya başlayınca boya serbest kaldığı için ölçülen floresans miktarı düşmeye başlar böylece elde edilen erime eğrisinden yararlanılarak amplifikasyonun Tm derecesi saptanabilir.